Program Studi Magister Ilmu dan Teknologi Pangan (PS Magister ITP) merupakan salah satu dari 4 program studi yang ada di Fakultas Teknologi Pertanian Universitas Udayana mulai 20 September 2016 (SK Rektor No.592/UN14/PP.03.01/2016). Sebelumnya PS Magister Ilmu dan Teknologi Pangan berada dibawah pengelolaan Program Pascasarjana Univesitas Udayana. Proses penyusunan proposal pembentukan program studi ini telah dimulai dari bulan Januari 2011 oleh task force yang beranggotakan staf dosen dari Fakultas Teknologi Pertanian Universitas Udayana. Setelah bekerja hampir 1,5 tahun, akhirnya pada 14 Mei 2012 Prodi Magister Ilmu dan Teknologi Pangan disetujui ijin penyelenggaranya berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 166/E/O/2012.  Prodi Magister Ilmu dan Teknologi Pangan mulai menerima mahasiswa pada tahun ajaran 2012/2013 dan telah terakreditasi B dengan SK No. 1804/SK/BAN-PT/Akred/M/V/2019, Tanggal 28 Mei 2019. Dengan terbitnya Peraturan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi (Permenristekdikti) No. 33 Tahun 2018 tentang Penamaan Program Studi pada Perguruan Tinggi maka terjadi perubahan nama program studi di Indonesia. Mulai dari semester genap tahun 2020, Program Studi Magister Ilmu dan Teknologi Pangan FTP Unud berubah nama menjadi Program Studi Magister Teknologi Pangan FTP Unud.