Program Studi Magister Ilmu dan Teknologi Pangan merupakan Prodi yang tergolong masih muda di Program Pascasarjana Universitas Udayana.  Proses penyusunan proposal pembentukan Program Studi ini telah di mulai dari bulan Januari 2011 oleh task force yang beranggotakan staf dosen dari Fakultas Teknologi Pertanian Universitas Udayana.

Setelah bekerja hampir 1,5 tahun, kerja task force ini membuahkan hasil, yaitu pada tanggal 14 Mei 2012 Program Studi Magister Ilmu dan Teknologi Pangan disetujui ijin penyelenggaranya berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 166/E/O/2012.  Sebagai Prodi baru, Prodi Magister Ilmu dan Teknologi Pangan mulai menerima mahasiswa pada tahun ajaran 2012/2013.  Pada tahun 2013 Program Studi Magister Ilmu dan Teknologi Pangan mengajukan usulan akreditasi ke BAN-PT, dan setelah melalui proses evaluasi administrasi serta visitasi, Program Studi ini memperoleh nilai B yang dituangkan dalam Keputusan BAN-PT No. 183/SK/BAN-PT/Akred/M/2014 tanggal 28 Juni 2014. Program Studi Magister Ilmu dan Teknologi Pangan juga telah memperoleh sertifikat ISO 9001:2008 pada tanggal 30 Juli 2013.